Názov obce Zent Janos, Sankt Johana an der March alebo Svätý Ján pochádza od mena patróna obce a kostola, neskôr rozšírený prívlastok Moravský podľa rieky Moravy.
V 13. storočí uhorský kráľ Belo IV. daroval Svätojánske panstvo Petrovi Rešickému, ktorý sa vyznamenal v bojoch proti Tatárom a postavil v obci kaštieľ. I napriek tomu najstaršia písomná zmienka pochádza z roku 1449 a je uvedená v donácii majetku pre grófov zo Svätého Jura a Pezinka. Každopádne však Moravský Sv. Ján tu vystupuje ako už existujúca dedina pod meno Zenth János.
V 15. storočí bola majiteľkou svätojánskeho panstva rodina Révayovcov, ďalej patrilo grófom z Pezinka a Sv. Jura, neskôr k panstvu hradu Ostrý Kameň.
V druhej polovici 16. storočia sa v obci usadili Habáni. Písomné pamiatky datujú ich príchod do Moravského Sv. Jána na roky 1540 – 1550. Nie je však vylúčený aj ich skorší príchod. Zložili sa na dolnom konci dediny, kde si postavili bratský dvor, ľudovo nazývaný Kaníža. Keď sa habáni v obci usadili, Moravský Sv. Ján patril pod panstvo Czoborovcov sídliacich na hrade Ostrý Kameň. Po mnohých snahách o rekatolizáciu habánov, väčšina z nich zostala pri katolíckej viere, niektorí sa vysťahovali do Ruska. Neskoršie sa czoborovské sídlo presťahovalo do Moravského Sv. Jána, ktorý sa od konca 17. storočia začal vyvíjať ako zemepanské mestečko s jarmočným právom.
Od 19. st. dochádzalo k častým zmenám vo vlastníctve panstva. Na prelome 19. a 20. storočia bol už Moravský Svätý Ján strediskom okolitých obcí – v obci bola pošta, telegraf, železničná stanica, pálenica, sladovňa, kláštor, zlepšovala sa sociálna a zdravotná starostlivosť. Rozvoj života prerušilo vypuknutie svetových vojen. Napriek rôznym negatívam povojnové obdobia charakteristického politickými a hospodárskymi zmenami zaznamenala obec rozvoj a prosperitu. Bol vybudovaný dom služieb, kde bolo holičstvo, opravovne a zberne šatstva. V r. 1970 bola dokončená výstavba zdravotného strediska, požiarna zbrojnica a začala sa plynofikovať obec. V tomto období bol postavený aj kultúrny dom, v ktorom bol umiestnený obecný úrad a kino.
Aj rok 1989 bol významným najmä pre občanov obce – ku sklonku roku sa konal Pochod slobody k rieke Morave, boli odstránené pohraničné zátarasy a keď dorazili k brehu Moravy, vítali rakúskych susedov chlebom, soľou a slivovicou. Zástupcov z obce Hohenau prevážali na našu stranu rieky na loďkách.
Spojenie s rakúskou obcou Hohenau mal Moravský Sv. Ján už od 8. storočia, kedy cestu medzi oboma brehmi Moravy využívali kupci na prevoz tovaru z Franskej ríše do Veľkej Moravy, neskôr z Rakúska do Uhorska. V roku 1662 bolo nájomné za prievoz 1500 zlatých, čo bola dosť vysoká suma svedčiaca o význame prievozu. V r. 1833 bol postavený drevený most, ktorý v r. 1866 spálili. Bol však obnovený a najviac sa po ňom prepravovalo víno, zemiaky, slama, keramika, dobytok, husi. Prechádzali ním sluhovia a robotníci pracujúci v cukrovare, textilke či píle v Hohenau. K obmedzeniu kontaktov prišlo v rokoch 1939 – 1945, kde sa mohlo do Rakúska chodiť len na priepustky. Po roku 1945 sa prechod zastavil definitívne.